Das Museum der Moderne Salzburg ist eine Gesellschaft mit beschränkter Haftung (Museum der Moderne – Rupertinum Betriebsgesellschaft mbH) und wird mit Mitteln des Landes Salzburg finanziert. Das Museum erwirtschaftet jährlich einen hohen Anteil an eigenen Mitteln aus Erträgen, Spenden und Sponsoring.

Direktion und Geschäftsführung
Dr. Thorsten Sadowsky

Aufsichtsrat (Stand 1.5.2018)
Landesrat Dr. Heinrich Schellhorn, Vorsitzender
Landesrätin Dr. Brigitta Pallauf, Stellvertreterin
Dr. Gertrude Frauenberger
Heideswinth Kurz, Präsidentin Verein der Freunde und Förderer des Museum der Moderne Salzburg