Das Museum der Moderne Salzburg ist eine Gesellschaft mit beschränkter Haftung (Museum der Moderne – Rupertinum Betriebsgesellschaft mbH) und wird mit Mitteln des Landes Salzburg finanziert. Das Museum erwirtschaftet jährlich einen hohen Anteil an eigenen Mitteln aus Erträgen, Spenden und Sponsoring.

Direktion und Geschäftsführung
Dr. Thorsten Sadowsky, Direktor
Mag. Friedrun Schwanzer, Kaufmännische Direktorin

Aufsichtsrat
Landtagspräsidentin Dr. Brigitta Pallauf, Vorsitzende
Simon Heilig-Hofbauer, BA, Stellvertreter
Klubobfrau Landesrätin Mag. Daniela Gutschi
Johannes Schwaninger