Die Sammlung des Museums der Moderne Salzburg wird durch bedeutende Dauerleihgaben von internationalem Rang in fundamentaler Weise ergänzt und hochgradig erweitert. Durch die generöse Unterstützung von privaten Leihgebern, Institutionen, Galerien und Künstler verfügt das MdM SALZBURG über bemerkenswerte Arbeiten der Klassischen Moderne und zeitgenössischen Kunst, die mit hauseigenen Mitteln nicht zu erwerben wären. 

Mit der Sammlung MAP aus deutschem Privatbesitz ist dem Museum der Moderne ein umfangreiches Konvolut an Arbeiten international renommierter Künstler wie etwa James Lee Byars, Günther Förg, Helmut Newton, Jörg Immendorff, Anselm Kiefer, Markus Lüpertz, A.R. Penck und anderen anvertraut, das eindrucksvoll einen Überblick über das Schaffen und die Entwicklung der einzelnen Künstler und ihrer Positionen vor Augen führt. 

Durch stetige Neuerwerbungen wird dieser Sammlungsbestand auch in Zukunft erweitert, wobei die konsequente Strategie verfolgt wird, mehr in die „Tiefe“ als exemplarisch in die „Breite“ zu sammeln. 

Im Zuge eines einzigartigen Projekts aus Anlass des 10-jährigen Bestehens des Essl Museums im Jahr 2009 konnte das MdM SALZBURG den eigenen Wünschen folgend und Dank guter Beziehungen zu Künstler und Kunsthändler zwei wesentliche Arbeiten mit finanziellen Mitteln der Sammlung Essl akquirieren, die künftig in Salzburg als Dauerleihgabe zur Verfügung stehen. Dabei handelt es sich um eine fünfteilige Arbeit des international bekannten deutschen Bildhauers Stephan Balkenhol sowie einem Gemälde des Künstlerduos Muntean / Rosenblum. 

Mit „En Block“ (1999), „Turbo“ (1999), „Ever After“ (2006) und „Caught Dreaming“ (2006) sind auf der Skulpturenterrasse des Museums derzeit vier Plastiken des britischen Bildhauers Tony Cragg zu sehen, die dieser im Zuge der Ausstellung „Second Nature“ im Jahr 2009 generös dem Museum als Leihgabe überantwortet hat. 

Die Sammlung Ernst Ploil stellt dem MdM Arbeiten wichtiger Vertreter der österreichischen, deutschen wie auch internationalen Gegenwartskunst zur Verfügung, darunter Werke von Christian Ludwig Attersee, Dan Flavin, Elke Krystufek, Otto Muehl, Muntean / Rosenblum, Elizabeth Peyton, Gerwald Rockenschaub, Lisa Ruyter, Rosemarie Trockel, Franz West und Heimo Zobernig. 

Daneben treten weitere Leihgeber wie die Kasser Art Foundation in Montclair, New Jersey, mit Bronzen von Auguste Rodin und Henri Matisse und einem Blatt von Jackson Pollock.  Aus der renommierten Salzburger Galerie Thaddäus Ropac stammen Leihgaben von Anthony Gromley, Peter Halley, Markus Lüpertz, Tim Noble und Sue Webster. Ebenso stellt die Galerie Budja dem MdM bedeutende Arbeiten von Erwin Wurm leihweise zur Verfügung. Zudem kommen weitere private und institutionelle Leihgeber mit hochgradigen Arbeiten u.a. von Künstlern des deutschen Expressionismus hinzu, die jedoch namentlich nicht genannt werden wollen.