Die Sammlung des Museum der Moderne Salzburg wird durch bedeutende Dauerleihgaben von internationalem Rang in fundamentaler Weise ergänzt und hochgradig erweitert. Durch die generöse Unterstützung von privaten Leihgebern, Institutionen, Galerien und Künstler verfügt das MdM SALZBURG über bemerkenswerte Arbeiten der Klassischen Moderne und zeitgenössischen Kunst, die mit hauseigenen Mitteln nicht zu erwerben wären.  

Mit der Sammlung MAP aus deutschem Privatbesitz verfügt das MdM SALZBURG über eine umfangreiche Dauerleihgabe von internationalem Rang, zu deren Bestand derzeit über 400 Arbeiten zählen. Neben zahlreichen Werken von James Lee Byars und einem umfassenden Konvolut an Fotografien von Helmut Newton liegt der Fokus hauptsächlich auf  bedeutenden Vertretern der deutschen Malerei der letzten Jahrzehnte wie etwa Jörg Immendorff, Anselm Kiefer, Markus Lüpertz, A.R. Penck und Eberhard Havekost. Die Werkkomplexe beinhalten Gemälde, Grafiken und Skulpturen und ermöglichen dabei einen eindrucksvollen Überblick über das Schaffen und die Entwicklung der einzelnen Künstler. Durch stetige Neuerwerbungen wird dieser Sammlungsbestand auch in Zukunft erweitert und um neue Positionen ergänzt, wobei die konsequente Strategie verfolgt wird, mehr in die „Tiefe“ als exemplarisch in die „Breite“ zu sammeln. 

Im Zuge eines einzigartigen Projekts aus Anlass des 10-jährigen Bestehens des Essl Museum im Jahr 2009 konnte das MdM SALZBURG den eigenen Wünschen folgend und Dank guter Beziehungen zu Künstler und Kunsthändler zwei wesentliche Arbeiten mit finanziellen Mitteln der Sammlung Essl akquirieren, die künftig in Salzburg als Dauerleihgabe zur Verfügung stehen. Dabei handelt es sich um eine fünfteilige Arbeit des international bekannten deutschen Bildhauers Stephan Balkenhol sowie einem Gemälde des Künstlerduos Muntean / Rosenblum.  

Mit „En Block“ (1999), „Turbo“ (1999), „Ever After“ (2006) und „Caught Dreaming“ (2006) sind auf der Skulpturenterrasse des Museums derzeit vier Plastiken des britischen Bildhauers Tony Cragg zu sehen, die dieser im Zuge der Ausstellung „Second Nature“ im Jahr 2009 generös dem Museum als Leihgabe überantwortet hat.  

Aus der Tia-Collection, einer amerikanischen Firmensammlung, erhielt das MdM SALZBURG 2011 eine zusätzliche Dauerleihgabe, bestehend aus insgesamt vier Arbeiten mit Werken von Georg Baselitz, Tony Cragg und Julian Khol.   

Daneben treten weitere Leihgeber wie die Kasser Art Foundation in Montclair, New Jersey, mit Bronzen von Auguste Rodin und Henri Matisse sowie einem Blatt von Jackson Pollock.  Aus der renommierten Galerie Thaddäus Ropac, Paris/Salzburg stammen Leihgaben von Anthony Gormley, Peter Halley, Markus Lüpertz, Tim Noble und Sue Webster. Ebenso stellt die Galerie Budja dem MdM SALZBURG bedeutende Arbeiten von Erwin Wurm leihweise zur Verfügung. Zudem kommen weitere private und institutionelle Leihgeber mit hochgradigen Arbeiten u.a. von Künstlern des deutschen Expressionismus hinzu, die jedoch namentlich nicht genannt werden wollen.